燃氣鍋爐的運行通常是指一臺新燃氣鍋爐在安裝后，在進行烘爐、煮爐、點火升溫、并爐供熱、正常運行、停爐與停爐保養等一系列內容的總稱。燃燒調節、參數調節及運行中的技術操作則基本相同。熱水采暖系統投入起動前，應對系統進行沖洗。新安裝的熱水采暖系統，很難避免系統中落入雜物。為了預防熱水系統運行過程中這些雜物造成堵塞現象，系統投入使用前必須進行沖洗。沖洗無論是對用戶采暖系統、外部熱力管網、燃氣鍋爐房管網或燃氣鍋爐本身都是十分必要的。

為了保證燃氣鍋爐壓力表和安全閥的靈敏可靠，必須對它們定期進行檢驗和經常檢查。還有另一種調節，由于某種原因，燃氣鍋爐汽壓突然變化，這時運行操作人員同樣必須及時調節。有時反應出來的情況是相同的，但原因可能是多種多樣的，這就要求操作人員依靠多種儀表指示，經過分析和判斷，查明真實原因，然后再進行有效的操作，這樣才保證燃氣鍋爐的安全經濟運行。

當燃氣鍋爐蒸發量大于蒸汽負荷時，汽壓就上升；當蒸發量小于蒸汽負荷時，汽壓就下降。對燃氣鍋爐汽壓的調節也就是蒸發量的調節，而蒸發量的大小又取決于燃氣鍋爐的燃燒狀況，因此汽壓的變化反映了燃氣鍋爐負荷與燃燒之間的平衡關系。強化燃燒時，蒸發量就增大；燃燒減弱時，蒸發量就減少。燃氣鍋爐壓力過高，燃氣鍋爐各部件承受的內應力增加，容易造成損壞或影響壽命。尤其是汽壓過高而燃氣鍋爐的安全閥又不動作時，極易發生爆炸事故。即使汽壓升高引起安全閥動作，會使蒸汽從安全閥逸出，也會造成較大的熱損失，且影響安全閥的密閉性能。

燃氣鍋爐在負荷變化較長時，可能出現虛假水位。因此，在監視和調整水位時，要注意判斷暫時假水位，正確掌握虛假水位的調節方法，決不能出現操作失誤，給燃氣鍋爐安全運行造成危害。一般情況下，水位突然升高時，首先應該適當增加燃料，強化燃燒，使蒸發量等于蒸汽流量，恢復汽壓；然后等到水位開始下降時，再增加給水量，逐漸恢復水位。同時，要注意監視燃氣鍋爐給水能力，通過給水泵出口處的壓力表，監視供水壓力，若出現燃氣鍋爐的壓力差漸漸增大的傾向，應檢查給水管路是否產生阻塞障礙等，應查明原因采取措施消除。

燃氣鍋爐水位計內看不見水位時，應立即檢查水位計，或采用“叫水”的方法來判斷燃氣鍋爐缺水或滿水的情況。其操作程序及判斷處理方法是：先打開水位計下部的放水閥，如有大量水汽噴出并在水位計內出現汽泡上升等現象，則證明燃氣鍋爐滿水（超過最高允許水位，清晰透明的玻璃管內的顏色發暗），應停止通風、燃燒，通過排污閥放水至正常水位，然后即可投入運行。

在不少低溫熱水采暖系統中，既沒有膨脹水箱，又沒有定壓罐設備，只是利用手動補給水泵保持系統壓力。這種方法與熱水燃氣鍋爐應有自動補給水裝置和定壓措施的要求相違背，增加了汽化和水擊的危險，必須予以糾正。

燃氣鍋爐超溫嚴重會造成過熱器、再熱器管爆破，對設備安全有很大威脅。汽溫過低，蒸汽的焓值降低，汽耗量增加，經濟性下降。運行中很多因素會使蒸汽溫度發生變化，例如燃氣鍋爐負荷、過量空氣系數、給水溫度、受熱面的污染情況、燃燒設備的運行方式、燃料種類和成分以及飽和蒸汽用量等，為此在燃氣鍋爐運行中應采取多種措施來調整蒸汽溫度。